ある日の朝、サトシはククイ博士とバーネット博士がいつもの元気がないことに気づく。アローラではめずらしい曇空の下、サトシがスクールに着き、仲間たちと話したところ、みんなのお父さんお母さんも元気がなかったようだ。この謎を調査すべく、ルザミーネの司令で出動したサトシたちウルトラガーディアンズ。そこに新たなメンバーが!?

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